El Fondo Ambiental de Jalisco otorgará recursos para proyectos ambientales que sean implementados por empresas privadas u organizaciones civiles. La GIZ colaboró con el estado para desarrollar procesos de convocatoria abiertos y transparentes, tomando en cuenta experiencias internacionales. 
En noviembre de 2016 el Gobierno de Jalisco dio a conocer la puesta en marcha del Fondo Ambiental de Jalisco en el marco de la Agenda Integral de Calidad del Aire y Cambio Climático del Estado. El Fondo es un mecanismo para procurar, administrar y canalizar recursos públicos y privados para proyectos y acciones que atiendan las problemáticas ambientales del Estado.
El Fondo será el más importante del país a nivel estatal, con más de 300 millones de pesos anuales para iniciar. Los recursos serán destinados a la inversión de proyectos en temas como: cambio climático, calidad del aire, restauración y conservación de los servicios ambientales, protección y preservación de la biodiversidad, manejo sustentable del territorio, educación y cultura ambiental y movilidad sustentable.
Durante el proceso de diseño del Fondo, la Secretaría de Medio Ambiente y Desarrollo Territorial (SEMADET) del Estado pidió el apoyo a la Alianza Mexicana-Alemana de Cambio Climático de la Gesellschaft für Internationale Zusammenarbeit (GIZ) GmbH por encargo del Ministerio Federal de Medio Ambiente, Protección de la Naturaleza, Obras Públicas y Seguridad Nuclear (BMUB). De tal manera, la GIZ brindó aportaciones que contribuyeran a la buena recepción y selección de proyectos que serán financiados por el Fondo.
Actualmente el Fondo cuenta con recursos destinados para convocatorias abiertas a organizaciones de la sociedad civil o empresas del sector privado que busquen implementar proyectos en los temas antes mencionados. La GIZ colaboró con el gobierno del estado para definir el proceso de convocatoria, los criterios y la metodología de selección para proyectos que tengan un impacto así como los formatos de convocatoria, evaluación y seguimiento anual. Así, se contribuye a la transparencia del proceso de selección y de implementación.
El proceso de puesta en marcha del Fondo comenzará con el lanzamiento de convocatorias para invitar a presentar proyectos. Los interesados deberán presentar propuestas en dos etapas: la primera es una propuesta general donde podrán presentar información sobre el proyecto que desean sea financiado, mientras que la segunda solamente será completada por aquellos participantes que sean invitados a participar después de que la primera propuesta haya sido evaluada.
Los proyectos serán evaluados por su alineación con las prioridades del Fondo, la clara identificación de soluciones a un problema específico, el diseño y la lógica del proyecto, el esquema de monitoreo y evaluación, los co-beneficios del proyecto, su carácter innovador y transformador, las necesidades de financiamiento y por asegurar la sostenibilidad del proyecto una vez concluido el apoyo del Fondo. Así, los procesos se basan en experiencias y buenas prácticas internacionales, que se han traducido al contexto y las necesidades específicas de Jalisco.
Se prevé que el Fondo comience a operar próximamente esperando se logre la participación de diversos actores en la implementación de proyectos, con el fin de alcanzar las metas ambientales del Estado y contribuir a los compromisos internacionales del país.